Scientia, Fortitudo et Virtus (Bilgi, Cesaret ve Fazilet)

29 Şubat 2016

Acınası Bilim İnsanları!!! Memurluğu Akademisyenliğe Tercih Edenler...

Şark Kültürü: Çocuğum devlet memuru olacak. Çocuğum müdür olacak. Çocuğum yönetici olacak.

Çocuğum bilim insanı olacak” diyeni çok az görürsünüz. Çünkü bilim insanı olmak zor ve meşakkatli bir iştir. Sırtında laboratuar önlüğü, elinde eldivenler…  İnsanımız bunu “amelelikle” bir görür…

Hâlbuki elinde bir Bond çantan, büyük bir odan, önünde şatafatlı bir masan ve insanların getirdikleri evraklara bir imza atıyor veya bir mühür basıyorsan senden büyük yok.

Zaten atalarımız ne demiş: “oğlum! baş ol da istersen soğan başı ol”

Ne yazık ki, yıllarca eğitim almış (lisans, yüksek lisans, doktora, vs) ve bunun için ailesi ve ülkesinin büyük paralar harcadığı insanımız bu tür memurluklara çok hevesli. Henüz mesleğinin başındaki birçok genç insanın bir ilkokul mezunun bile yapabileceği basit bir yöneticiliğe (ben buna memurluk diyorum) heveslenip, esas mesleğinden (yani akademisyenlikten) uzaklaştığını görüyoruz.

Halbuki aslolan senin mesleğin ve ürettiklerindir. Esas işini yaparak yetiştirdiğin öğrenciler ve onların öğrencilerinde bir bilim kültürü ve yaşam felsefesi kazandırırsın. Öğrencilerin belki seni yıllarca (tabi mevta olup gitmiş isen rahmetle) anacak, yazdığın kitap ve makaleler, ürettiğin araç ve gereçler senden sonra da insanların elinde ve dilinde olacaktır.

Senin o güzelim (soğan başı!) yöneticiliğini ise 5 yıl sonra kimsecikler hatırlamayacaktır. 

Amerika'da bulunduğum süre içinde gördüm ki bu tip yöneticilikler, hiç bir projesi olmayan, yayın yapmayan, lisansüstü öğrencisi olmayan ve bir araştırma labı bulunmayan sadece derse girip çıkan insanlara veriliyor. 

Ha şunu hemen belirteyim, ülkenin ve kurumunun bilim politikalarına yön veren en üst yönetici pozisyonunda bulunuyorsan ve bunu da hakkı ile yerine getirebiliyorsan ne ala. Gerisi fasa fiso. Çünkü baş nereye ayaklar da oraya…

Ancak, böyle bir pozisyondaki insanın kendisinin de erdem sahibi, dünyayı tanıyan, vizyoner ve en önemlisi de kendisinin de adam gibi bir bilim insanı olması gerekir.

Örnekle bitireyim.
Bir mal üreten bir fabrikanız var. Hadi diyelim o işletmede akıllı telefon üretiyorsunuz. Yöneticiliği sevdiğimiz için Türkiye’deki gibi 100 yöneticiniz ve 100’de çalışanınız (bilim adamı, mühendis vs.) var. Bütün yöneticilerin el ve ayaklarını bağlasanız veya esasen işe hiç gelmeseler bile o fabrikada yine akıllı telefonlarınız sorunsuz üretilecektir. Ancak, hafıza çipini yapan mühendisiniz, onu yerine takan çalışanınız (yani iş yapan 2 kişi) yoksa telefonu unutun. Çok yakında iflas bayrağını fabrikanın önüne asarsınız.  

Ondan sonra oturup düşünürüz. Şirketim, ülkem neden bir akıllı telefon üretemiyor?, üniversitem neden ilk 100’e girmiyor?… vs. vs.

Çünkü, ortada iş yapacak memur bırakmamışsın (işi bilen çalışan anlamında), sen hepsini amir yapmışsın. Ortalıkta amirden geçilmiyor ama işin ucundan tutan yok.


Bahse girerim, geçen yıl Nobel Ödülü alan vatandaşımız Aziz Sancar bugün ülkeye gelse, bizim rektörler onu hemen sadece tabelası olan bir araştırma merkezine müdür yaparlar. Aziz Sancar ülkenin gelecekteki akademisyen ve belki de Nobelistlerini yetiştireceğine, müflis esnaf misali büyük bir odada şatafatlı bir masanın başında “müdür”lük yapmanın dayanılmaz cazibesini! yaşayacaktır… 

24 Şubat 2016

Nobel Ödülü Kazanmak İçin 10 Basit Kural!

Aşağıdaki yazı ve tabi ki konu başlığının kendisi Nobel Ödülü almış bir bilim adamının: Richard J. Roberts.

(Not: anlamını bozmadan yazıyı oldukça kısaltmış ve kendimce küçük değişiklikler yapmış bulunuyorum.)

RJ Roberts, “genlerin yapısı” konusundaki çalışması ile 1993 yılında Nobel Tıp Ödülünü Phillip Sharp’la paylaştı.

PLoS Computational Biology’deki 2015 yılı makalesinde bu 10 kurala başlamadan önce Roberts şunu söylüyor:
-          - Gerçek şudur ki, bilim adamlarını sadece ödülü düşünerek çalışmaları hiç doğru bir şey değildir. Araştırmayı büyük bir istek ve zevkle yapmaları yeterlidir. Gerisi gelecektir.

Her ne ise… Kıssadan hisse başlayalım Richard J. Roberts’ın 10 kuralına:
  1. Kariyerine asla Nobel Ödülü için başlama. Bu maddenin aslında diğer 9 kural olmasa da yeteceğini ifade ediyor. Sadece soracağın güzel sorularla en iyisini yapmaya çalış ve bundan mutlu ol. Eğer şansın da yanında ise öyle buluşlar yaparsın ki Nobel ayağına gelir (bilim adamlarının şans konusunda söylediği bir söz: “iyi olmaktansa, şanslı olmayı tercih ederim

  2. Deneylerini kurmadan üzerinde iyi düşün ve elinden geldiğince hata yapmamaya çalış. Hata, hesaplamadan tutun öğrencilerinizin gelen bir telefonla tüm bir deneyin mahvolmasına kadar değişik nedenlerden kaynaklanabilir. Bu sizi yorar, bıktırır ve pes ettirir.

  3. Çalışmanıza gerçek katkı sağlayacak insanlarla çalışın. Ancak, çalıştığınız kişi ya da kişilerin sizden daha iyi olmaması gerekiyor! Yoksa, en fazla 3 araştırmacıya verilen Nobel Ödülünü beraber çalıştığınız adamınız alır.

  4. Kazanma şansınızı artırmak için iyi bir aile kurmaya çalışın. Nobel Ödülü kazanan 7 kişinin çocukları da Nobel Ödülü kazandı (örneğin: Lawrence Bragg ve babası William Bragg, Roger Kornberg ve babası Arthur Kornberg, Aage Bohr ve babası Niels Bohr değişik zamanlarda Nobel ödülü kazandılar). Bu bağlamda 4 karı-koca Nobel ödülünü paylaştı. Bu konuda rekor Marie Curie aliesine ait: kendisi iki adet olmak üzere, kocası, kızı ve damadı Nobel Ödülü kazandılar. Yani bir aileden 4 Nobelist ve 5 Nobel Ödülü çıktı.

  5. Daha önce Nobel Ödülü kazanmış birisinin laboratuarında çalışmaya çalışınız. Bu konuda en güzel örnek İngiltere’deki Medical Research Council (MRC) Laboratory verilebilir. Burada 9 Nobel Ödüllü bilim adamı yetişti. En ünlüleri ise değişik zamanlarda protein dizilemeyi ve DNA dizilemeyi keşfeden ve bunlar için 2 Nobel Ödülü alan Fred Sanger. Sanger, RNA dizilemeyi de keşfetti. Ancak, bir kişiye 3 Nobel Ödülü vermek, Nobel Komitesi için de zor bir şey olurdu her halde.

  6. 5. kuraldan belki de daha iyisi, Nobel Ödülü kazanması muhtemel birinin laboratuarında çalışın.

  7. En iyi deneylerini, şansın yaver gittiğinde bitirmeye çalış.

  8. Hayatını asla bir Nobel Ödülü kazanmak için planlama.

  9. İsveçli bilim adamlarına karşı kibar ol! Özellikle de eğer bu bilim adamları, Nobel Ödülü komitesinde yer alıyorlarsa. Tanıdığım birkaç kişi, uçakta yaşadıkları bu tür tartışmalarla ödüllerine beklenenden geç kavuştular.

  10.  Biyoloji çalış. Bunun için birçok neden var. Bir kere biyoloji keyif verici bir alan, doğrudan insan hayatını ilgilendiriyor ve bu alanda bilinmeyen o kadar çok şey var ki.
Roberts yazısını şöyle bitiriyor:
-Özet olarak 1. Kural benim en iyi tavsiyem. 

20 Şubat 2016

İnsan Genetik Alfabesinin (Genom Dizisinin) Belirlenmesinin 15. Yaş Günü

İnsan Genomunun taslak dizisi 15 yıl önce, tamamı da 2003 yılında (yani 13 yıl önce) yayımlandı. Peki, kimine göre “yüzü astarından pahalıya mal olan” bu proje, parasına (3.3 miyar dolar) değdi mi?  

Bence değdi. Neden mi? 

Bir kere, para kâğıttan yapılmış. Öyle veya böyle harcanacak. Çoğu zaman da gereksiz yerlere. Ancak, bu projeye harcanan para en azından insanoğlunun merakını az da olsa bazı konularda giderdi. Buna yazımın sonunda değineceğim. 

Ancak 15. yılını kutladığımız İnsan Genom Projesinin ilk taslağı hakkında biraz tarihçeye girelim: 1980’lerin sonunda insan genom dizisinin belirlenmesi fikri ortaya atıldı. Fakat, birçok bilim adamı insan genomunun çoğunun “bir işlevi olmayan çöp DNA’dan meydana geldiğini” ileri sürerek, böyle bir projenin anlamsız olacağını savundu. Kaldı ki, sadece 10 insanın genom dizisi çıkarılacaktı ve bu bütün insanları nasıl temsil edecekti!

Buna rağmen, o zamanki teknoloji ile milyarlarca dolara mal olacak bu projenin başlatılmasına karar verildi.

Kimine göre, çoğu "çöp DNA” olsa bile, genomumuzda bu çöp DNA’nın orada ne iş yaptığının belirlenmesi bile bu projenin yapılması için yeterli sebepti. 

İnsan genomunu yapan harflerin belirlenmesi (biyologlar buna “genom dizisi” diyorlar) için 1990’ların başında iki farklı proje başlatıldı. 

(Kitaplık: Wellcome Trust İnsan Genom Dizisi arşivi. Toplam 4 harften (A,T,G,C) oluşan haploid genomumuzdaki (yani 23 kromozomdaki) harflerin sayısı ve dizilişi kataloglanmıştır. Örnek: en büyük kromozom 1. kromozomumuzdur. Dolayısı ile bu kromozomda harf sayısı ile her biri 1000 sayfa olan 9 cilt kitap dolmuştur).

İlki Amerika Birleşik Devletleri önderliğinde ve birkaç başka ülkenin dâhil olduğu kısa adı IGHP olan “devletler projesi”, diğer ise zengin bir biyolog olan Craig Venter’in şirketi tarafından başlatılan proje. 

Uluslararası İnsan Genom Projesi (IGHP), insan genomunun taslak dizisini Nature dergisinin 15 Ocak 2001 sayısında, özel bir kuruluş olan Celera Genomics ise kendi taslak dizisini bir gün sonra Science dergisinin 16, Şubat 2001 sayısında yayımladı. 

IGHP, beklendiği gibi insan genomunun %50’sinin tekrarlanmış dizilerden oluştuğunun rapor etti. Bu tekrarlanmış düzlerin %90’ı ise “sıçrayıcı” ya da diğer adı ile “hareketli” diziler olarak bilinen “transpozonlar”dan oluştuğu belirlendi. Makalelerinin 11 sayfasını bu tekrar dizileri ve onların evrimini anlatmaya ayırdılar. 

Çöp veya atık olarak bilinen bu yavan dizilerin esas olarak biyolojik olgu için bize çok şey ifade ettikleri ve paleontolojik olarak birçok ilginç olayı barındırdıkları bilim adamları tarafından zaten daha önce bilinmekte idi. 

İşin maliyetine gelince: gerçekten de yukarıda bahsettiğim taslakların ortaya çıkarılması için 3.3 milyar dolar kadar bir para harcandı. Genomumuzun (haploid yani annemizden ya da babamızdan gelen 23 kromozom) yaklaşık 3.3 milyar baz çiftinden oluştuğu biliniyor. 

Bu, şu anlama geliyor: her genetik harfimizin belirlenmesi için 1 dolar harcandı. Her halükarda büyük para! Bu nedenle, insan genom projesi birçok bilim adamı tarafından tepki aldı. 

Bu projenin ortaya koyduğu en önemli bulgulardan biri, gen sayımızla ilgili idi. Tüm canlılar âleminin en karmaşığı olarak düşünülen insanın, gen sayısı bakımından hiç de o kadar üstün olmadığı görüldü. Yaklaşık 25 bin genimiz vardı. Bu sayı basit bir toprak kurçuğunun (Caenorhabditis elegans) gen sayısından çok da fazla değildi. Hatta bir su piresi (dafnia) taşıdığı yaklaşık 30,000 genle bizden daha fazla gene sahipti. 

İnsan genomunda kaç gen bulunduğunu ve genin tarifini burada yazmıştım. Tekrar üzerinde durmayacağım. 

Tabi projenin bu en önemli bulgusu yine tepkilere neden oldu. Çünkü eğer insan genomu büyük oranda anlamsız veya çöp dediğimiz dizilerden oluşuyorsa, zaten gen sayısının da çok olmaması gerekirdi. Basit bir matematik hesap bunu ortaya koyabilirdi. 

Peki insanda bir çok hayvana (hatta bitkilere) nazaran az sayıda genin olduğunun keşfedilmesi, insanoğlunun büyüklük egosuna büyük bir darbe mi vuracaktı? Hayır… 

Farklılığımız başka bir yerde idi. Henüz sayısını bilmediğimiz protein çeşitlerinde. 

İnsanın diğer canlılara göre çok daha zengin bir protein profiline sahip olduğu düşünülmekte. Fakat bir sorun var. Genler proteinleri kodluyorsa, az sayıdaki genle nasıl böyle zengin bir protein çeşitliliğine sahip oluyoruz? Bu konuda ifade edilen dizilerin karması, alternatif ifade gibi bazı deliller bulunsa da, bunu anlamaktan şu anda çok uzağız. 

Her ne ise… İnsan Genom Projesi ve öncesi hakkında kronolojik bir açıklama aşağıdaki resimde yapılmıştır ve bu konu üzerinde daha fazla durmadan esas konumuz olan bu projenin sonuçlarına gelelim…
(Büyütmek veya indirmek için resmin üzerini tıklayınız)
Bu projenin sonuçlarını kullanan daha sonraki çalışmalarla bugün yaklaşık 2000 hastalığı gen seviyesinde biliyoruz ve çoğunu genetik testlerle belirleyebiliyoruz. 

Proje sayesinde günümüzde genom dizileme araçları gelişti ve değişti ve bir genomun dizisi neredeyse bugün 1 milyon kat daha ucuza mal olmakta (3300 dolar/genom). 

Yani, tüm genomunuzun dizisini belirlemek istiyorsanız, bunu damağınızdan kulak pamuğu ile alacağınız örnekten  yaklaşık 3000 dolar vererek yapabilirsiniz. Bu rakamın önümüzdeki birkaç yıl içinde 1000 dolar civarlarına düşeceği tahmin ediliyor. 

Bu meblağ bile sizin bütçenizi aşıyorsa, 300 TL (100 dolar) vererek genetik orijininizi (daha çok Asyalı mı, Avrupalı mı yoksa Afrikalı mısınız? Ya da hepsinin belli oranlardaki karışımı mı olduğunuzu) belirleyebilirsiniz. 

Önümüzdeki dönemde genomumuzun bilinmeyenlerine doğru yolculuğumuz son sürat devam edecektir. İnsan genom çeşitliliğini konu olan 2015 yılında biten benzer bir projede dünyanın 26 değişik toplumundan (ırklarından) 2500 bireyin genomu dizilendi. Referans insan genomu ile kıyaslandığında, bu 2500 kişinin genomu kişiden kişiye farklılık gösterse de 4 ila 5 milyon bölgede farklar olduğu görüldü. Bu farklar bizi biz yapan farklar. 

Bundan 5 yıl önce, yani insan genom dizisi belirlendikten 10 yıl sonra, değişik canlı türleri için dizilen genomların sayısı aşağıdaki resimde verilmiştir. Teknolojinin gelişmesi ve ucuzlaması ile bu konuda tam bir patlama yaşandığı görülecektir.
(Büyütmek veya indirmek için resmin üzerini tıklayınız)
Ancak, genomik çalışmalar sonucu ortaya konan bu kadar bilgi ve bulgunun anlamlandırılması (mana) gerekiyor. Bunun için, makineler değil insanların beyin gücüne daha çok ihtiyaç olacaktır.

12 Şubat 2016

Kütle Çekim Dalgaları: Büyük bir keşif mi, büyük bir dalga geçmek mi?

Bu hafta içinde (Çarşamba günü) eğer doğru ise 2016 yılının belki de en büyük keşfi olacak olan Einstein’in 100 yıl önce ortaya attığı yaygın adı ile "izafiyet teorisi"nin kanıtlandığı ileri sürüldü. Yani, “zaman ve mekânın bükülmesine" sebep olan “kütle çekim dalgaları”nın keşfedildiği bildirildi.

Şayet, bu doğru ise evren ve yaşam için çok moda olan Big-Bang Teorisini çöpe atabilirsiniz... (Fizikçilerin bitmek tükenmek bilmeyen sayısız teorileri hakkındaki bir yazımı burada okuyabilirsiniz).

Konumuza dönersek; MIT, Caltech ve LIGO araştırmacılarının hangi kanıta dayanarak kütle çekim dalgalarını keşfettiklerini anlamak zor. İki ayrı yolu, ancak aynı mesafeyi kat edip dönen kızıl ötesi ışınların dalga boylarının “tam simetri” (yani üst üste mükemmel çakışma) göstermedikleri ve bir protonun çapının binde biri (1/1000) kadar olan bir sapmaya neden olduğu ileri sürüldü (1 protonun çapı yaklaşık 2 × 10-14 metre, yani 0.00000000000002 metre ya da 0.00000000002 mm). 

Buna, güneşten 30 kat daha büyük ve bize 1.3 milyar ışık yılı uzaktaki bilmem hangi iki karanlık deliğin çarpışıp kaynaşmasından sonra ortaya çıkan ve ışık hızına eşit bir hızla yayılan kütle çekim dalgalarının sebep olduğu ileri sürüldü.

"Kızıl ötesi ışınların aynı mesafeyi çok az da olsa değişik zaman süresi içinde almalarının yegane kanıt sayıldığı"  açıklamada, medya önünde kişi ellerini havaya kaldırıp bir zafer edası ile aynen şunları söyledi (bkz. aşağıdaki videodaki konuşma):
  • “Kütle Çekim Dalgaları’nı keşfettik. Evet…  başardık” 
Bu kadar önemli bir konu, alkışlarla kesilen 2 dakika içinde medyaya servis yapıldı. İlgili zat bilgisayar ortamında hazırlanmış, tamamen hayali animasyonlarla konuyu bu 2 dakikada anlatmaya çalıştı.
Bu konu bir anda bütün TV, gazete, blog ve diğer web sitelerinde yayılış gösterdi (bilim haberciliğinde bir rekor kırıldığından eminim).

Umarım, bu haber ilgili bilim adamlarının büyük egosunun bir sonucu değildir ve doğru çıkar. Higgs Bozonu ya da diğer ünlü adı ile Tanrı Parçacığı için bir grafiğe dayandırılan ve onun üzerinde koparılan fırtınaları hatırlayınız!


Fizikçiler kusura bakmasın ama, bir ara "soğuk füzyonu" da keşfettiklerini ve bir bardak su ile dünyamızın tüm enerji sorununu halledebileceklerini ileri sürmüşlerdi!.. 

Aradan 25 yıl geçti. İlk ortaya atıldığında Nobel Fizik Ödülüne bile aday gösterilen soğuk füzyona ne oldu dersiniz? 

Buluşun sahiplerinin rencide olması ve "soğuk duş" almasından başka bir işe yaramadı...

Bir başka örnek: Bazılarınız hatırlayacaktır. Birkaç yıl önce de NASA’da çalışan bilim adamları, DNA’sında (genetik materyalimiz) arsenik olan bakteriler keşfettiklerini söylemişlerdi. Ancak, daha sonra yapılan çalışmalar bunun bir safsatadan ibaret olduğu gösterildi. Çünkü deney tekrarlanamadı. NASA araştırmacılarının kontamine (bulaşık) bir ortamda bu çalışmayı yaptıkları ve belirlenen arseniğin esasen ortamda bulunduğu ve bakterilerin DNA’sının bir parçası olmadığı anlaşıldı.

Milyonlarca dolara mal olan, ancak kimine göre 50 yıldan beri bildiğimiz şeyleri bize yeniymiş gibi sunmaya çalışan ENCODE projesi ile ilgili de daha önce burada bir yazı yazmıştım.

Ne yazık ki bilime en büyük kötülüğü, medyatik olmada, projelerine büyük paralar cebellezi etmede mahir açık gözlü ve aç gözlü bilim adamları yapmakta ve bunların yalancı çoban misali “sürüye kurt geldi” çığırtkanlığı doğru olsa bile artık kimseler inanmamaktadır.


Bundan dolayıdır ki, ülkeleri yönetenler bilim adamlarından çok film adamlarını danışman olarak seçerler. Çünkü bilgelikten (ve çoğu zaman bilginlikten) uzak bu bilim adamları ile filim adamları arasında pek de bir fark yoktur ve dolayısı ülkelere bilim politikaları değil filim politikaları yön verir.
Bu nedenledir ki, dünyamızın da her konuda çivisi çıkmış…