Scientia, Fortitudo et Virtus (Bilgi, Cesaret ve Fazilet)

29 Mart 2016

İlk Yapay (Sentetik) Hücre: Tanrının Rolünü Oynamak mı?

Hiç sanmıyorum... Neden mi?

Buna birazdan döneceğim. Ancak, bu çalışmayı rapor eden grup hakkında önce biraz tarihçeye...

J. Graig Venter (JCV) bir biyolog ve aynı zamanda zengin bir iş adamı. O kadar zengin ki, kendi adına Maryland ve California'da iki araştırma enstitüsü (JCVI) ve Nobel Ödülü almış bir bilim adamını da içinde bulunduran 400'ün üzerinde çalışanı var.

Resim: (soldan sağa) J. Craig Venter. Hamilton O. Smith (Nobel Ödüllü), Dan Gibson, Lijie Sun, John Glass, Krishna Kannan, John Gill, and Clyde A. Hutchison III, . (Resim: J. Craig Venter Institute)

JCV ve grubunu aynı zamanda insan genom projesinden tanıyoruz. Bu konudaki bir yazımı burada okuyabilirsiniz.

Aynı grup 2010 yılında kimyasal olarak sentezlenmiş tüm bir bakteri (Mycoplasma mycoides) genomunu, genomu çıkarılmış boş bir bakteri (Mycoplasma capricolum) hücresine aktardıklarını rapor etmişti. Yeni oluşturdukları bu bakteriye "JCVI-syn1.0" adını veren grup, makalelerine cüretkar bir başlık atmışlardı: "ilk sentetik bakteri yaratıldı" (Science, 2010). (genom= hücredeki tüm DNA)

Aynı grup geçen hafta içinde minimum sayıda genle yaşamını devam ettirebilen ilk yapay bakteri genomunu "tasarlayıp sentezlediklerini" bildirdi (Science, 25 Mart 2106). Bu bakteriye de "JCVI-syn3.0" adını verdiklerini görüyoruz.

Grubun 2010'da kullandıkları provokatif "yaratmak" terimini, haklı bilimsel tepkiler sonucu yeni çalışmalarında "sentez" olarak yumuşattığını görüyoruz.

Neyse. konumuza dönelim.

Bakteri hücresi "yaratıldığı!" için bakteriden başlayalım...

Bakteri tek bir hücreden oluşur, fakat aynı zamanda bizim gibi trilyonlarca hücreden oluşan bir canlı gibi yer, içer, davranır. Yani, kısaca bir bakteri hem tek bir hücredir hem de bir organizmadır.

Bitki ve hayvanlara göre bakteriler çok daha basit organizmalardır. Yaşamak ve çoğalmak için de daha az şeye ihtiyaç duyarlar. Genomları küçük ve binden az geni olanları vardır. 

Grubun, 2010’da referans aldığı ve genomunu sentetik olarak kurduğu bakteri, genomu en küçük (yaklaşık 1 milyon harf) bakterilerdendi.

Bir karşılaştırma yaparsak: bir insan hücresinde yaklaşık 20 bin, tipik bir bakteri olan E. coli’de yaklaşık 5 bin gen (protein kodlayan) var. Genin ne olduğunu daha önce burada yazmıştım.

Grubun geçen hafta içinde rapor ettiği yapay bakteri (Syn3.0) “minimal” bir bakteri. Bu bakteri grubun daha önce oluşturduğu sentetik 516 gene sahip Syn2.0 bakterisinden 43 genin daha çıkarılması ile elde edildi. 

Resim:15 bin kez büyütülmüş EJCVI-Syn 3.0 hücrelerinin elektonmikrografı. 

Syn3.0 başka bir hücreye ihtiyaç duymadan tek başına serbest yaşayabilen genomu en küçük bakteri olmaya aday. Bu yapay bakteride sadece 473 gen var. Bunların 324’ü (3’te 2’si) hücrenin sadece yaşamını devam ettirmesi ile ilgili, diğer 149 genin ise foksiyonu tam bilinmiyor.

Bu sentetik bakteriden daha az gene sahip doğal bakteriler var. Ancak, bunlar serbest yaşayamıyor. Bir hücrenin içinde parazit gibi yaşamaya mahkumlar. 

Az sayıda gen bakımından rekor ise böcek hücreleri içinde yaşayan Nasuia. Bu bakterinin sadece 137 geni var.

Çalışmanın şunu gösterdiği ileri sürülüyor: Tüm canlılarda genlerin çoğu ihmal edilebilir. Yani bu genler aksesuar işlevi görüyor. Bunlar olsa da olmasa da canlı (veya hücre) yaşamını devam ettirebilir.

Peki böyle bir çalışmanın amacı ne? Para! Bir ürünü maksimum yapmak.

Şöyle bir düşünün. Hücrede 5000 gen olsun ve bu genleri kullanarak hücre 100 adet çeşitli endüstrilerde kullanımı olan ürün üretsin. Ancak, bu 100 ürün arasından sadece bir tanesi özel bir hastalık için ilaç ve siz sadece onu üretmek istiyorsunuz. Diğer tüm genleri kapatır, hücreyi rezervlerini bu ilaç için kullanmasını sağlarsanız istediğiniz ürünü 100 kat fazla elde edersiniz.

Sorulacak sorular ise, bu ihmal edilebilir genleri çıkarıp atarsanız canlının ne tür badirelerle karşılaşacağı. Özellikle bizim gibi karmaşık yapılı ve eşeyli üreme yapan canlılarda üreme sorunlarından tutun zekâ seviyesine ve sayısız hastalıklara kadar bir ton sorunla karşılaşılmayacağını kim garanti edebilir?

İnsan eli ile yapılmış hilkat garibesi canlıların uzun vadede dünyamızdaki doğal dengeleri nasıl etkileyebileceği etraflıca düşünülmediği görülüyor. Daha doğrusu, “ben para kazanayım da, benden sonrası tufan” mantığı…

Sadede, yani “yaratma”ya gelince…

Craig Venter ve ekibinin yarattığı aslında hiç bir şey yok. Olsa olsa bir Legonun parçaları ile yeni bir araç yapmışlar. Kullandıkları tüm malzeme (enzimler, vs) ve Legolar (DNA ve yapıtaşları) ise doğadan. Yani var olandan alınma.

Kısaca, “yaratma” kastini aşan bir ifade olurdu ve bu nedenledir ki ilk çalışmalarında kullandıkları bu kelimeyi, yeni çalışmada kullanmamışlar.

Hem bilimsel hem de dinsel olarak isabet etmişler.

25 Mart 2016

Öpüşmek öldürür mü?

Belki! 

Herkesin yeni evlenmiş tanıdıkları vardır. 

Birkaç ay sonra bakıyorsunuz eşlerden biri ya da her ikisi inanılmaz derecede zayıflamış ya da aşırı kilo almış. 

Bazen de biri aşırı kilo alırken, diğeri aşırı kilo vermiş. 

Ne oldu da 20-30'lu yaşlarda çok değişmeyen vücut, evliliğin hem sonrasında birkaç ay içinde bu kadar dramatik bir şekilde değişti?

Yenge hanımın güzel yemekleri olamaz herhalde bu değişimin sebebi. Çünkü, eşlerden biri veya her ikisinin bir çırpıda "çırpı gibi" olduğu da oluyor. 

Bir düşünün.., Her bireyin kendine has bir mikrobiyomu (vücuttaki bakteri ve diğer mikroorganizmalar) var. Ve son çalışmalar, insan vücudunda insanın kendi hücrelerinden 10 kat fazla mikrop (bakteri, maya, vs) olduğunu ortaya koyuyor. Vücudumuzdaki mikroorganizmalar hakkında daha önce burada yazmıştım.

Bu mikroorganizmaların büyük kısmı ise bağırsak sistemimizde yaşıyor ve oldukça faydalı işler yapıyorlar. Faydalı vitamin ve amino asit üretmek gibi...

Ancak, hiç kimsenin bağırsağı diğerininkine benzemez. A kişisinin bağırsağındaki barışçıl mikroplar, B kişisinde birer patojen (hastalık yapıcı) gibi davranabilir. Bu da obeziteye kadar götüren bir seri metabolik sendroma yani, beslenme ve enerji eldesi ile ilgili rahatsızlıklara sebep olabiliyor.

Mide-bağırsak sistemimizde bolca bulunan bu mikropların, öpüşme (salya) ile geçebileceği ve bazılarının mide sindirim sistemini geçip, bağırsağa gelip yerleşebileceklerini biliyoruz.

Zor sorular: 

  • Öpüşmeden aşk olmaz ve her aşkın da bir bedeli var! Ancak, özellikle Fransız öpücüğünde imtina etmek mi gerekir acaba? 
  • Hayvanlar aleminde acaba öpüşme olayı var mı? Onlarda da aşkın bir bedeli var mı?
  • Hiç öpüşmeyen toplumlar var mı? Varsa... bunların hastalık, sağlık, ömür uzunlukları konusunda birşey biliyor muyuz?
  • Sağlıklı insanların bağırsaklarından izole edilmiş faydalı bakterilerin, bağırsak problemi olan hastalara transferini yapan ve bu konuda yakında bir sektör olacağı düşünülen mikrobiyom transferleri gerçekten tedavi edici olacak mı? 

Umarım romantizmin katili ilan edilmem... 

Ne yapalım. Gerçekler böyle.

Not: Yine umarım eşimi bu yazıdan haberdar etmezsiniz... Yoksa, beni eve koymaz!

22 Mart 2016

Akademik Dünyanın Gerçeği 5Y1O Kuralı: Yay Yayın Yap, Ya da Yok Ol!

Bir basın ve yayın kuralı olan 5N1K'yı çağrıştırsa da, akademik dünyada 5Y1O olarak kısaltabileceğimiz "Yay Yayın Yap, Ya da Yok Ol!" kuralı vardırBatı dünyasında bunun karşılığı "Publish or Perish"tir.

Çok tartışılan bir konu olsa da, akademik dünyanın bir gerçeğidir yayın yapmak (yayın hazırlamak ve yayına kabul ettirmede 6 altın kuralı burada yazmıştım).

Tartışılan yönleri arasında işe alınma, sözleşme yenileme ve terfi ettirmede yayınların kurumlar tarafından salt (veya en önemli) kriter olarak alınması gösterilmektedir. 

Ayrıca, araştırmacılar üzerinde böyle bir yayın baskısı kurmanın, onları zorlama yayın yapmaya ve bunun da üretilen bilimin kalitesinin düşmesine sebep olduğu yönünde haklı görüşler vardır. Akademik kaygı ile yapılan yayınların, bilim için bir kazanç değil, kayıp olduğunu düşünenler bulunmaktadır. 


Yayın baskısı sadece bize has bir şey değil. Tüm dünyada "yayın yapmak" bilimde üretkenliğin en önemli göstergesi olarak kabul ediliyor. Aksi taktirde, halkın parasının çarçur edilmiş olacağı savı dillendiriliyor.

Ne diyelim... Nasrettin Hoca'nın dediği gibi her iki görüşte kendince haklı.

İşe alacağımız akademisyeni karşımıza alıp, onun eserlerine (yayın, kitap, proje) bakmadan sadece "Anlat bakalım hele. Ne çalıştın, ne ürettin, ne yaptın?" diyemeyiz. Böyle bir soruya, birçok insan bire bin katarak ne derece büyük bir bilim insanı olduğunu anlatacaktır. 

Ancak, kişinin önümüze koyacağı, yukarıda belirttiğim kaygılar sonucu yapılmış, birbirinin kopyası sayılabilecek Web of Science (SCI, SSCI, AHCI) tarafından bir şekilde taranan ancak etki faktörü sıfır yüzlerce derginin herhangi birinde yapılmış onlarca yayının temel referans alınması ne derece doğru olur?

Sanırım bu konuda karar yine seçici kurullardaki bilim insanlarının basiretli tutumuna bırakılmalı. Evrensel bilim ölçülerine göre değerlendirilecek bir dosya veya adayın performansı, onun  ne derece yetkin ve etkin biri olduğunu ortaya zaten apaçık koyacaktır. 

Ancak, bu "apaçık" durum, deveyi pire, pireyi deve yapacak taraflı değerlendirmelerle değil, "apolitik" bir yaklaşımla belirlenebilir. 

Evrensel akademik kriterlere değil kendi uydurma kriterlerine tevessül eden, esasen bir  değerlendirme kriteri bile bulunmayan, kadrolaşmayı bir peşkeşe çevirmiş olan kurumlar ise kaybedenler olacaktır.

15 Mart 2016

Bilim ve Bilim İnsanları Neden Güvenilirliğini ve Saygınlığını Yitirdi?

Her hangi bir dünya ülkesinde bir ülke liderinin "bilim adamlarımızın görüşüne göre şunu şöyle, bunu böyle yaptık. Bu, ülkemiz ve dünyamız için daha iyi olacak" mealinde bir şey dediğini duydunuz mu? 

Tabi ki hayır...

Çünkü ülke yöneticilerinin ve esasen halkın bilim insanlarına güveni yoktur da onun için.

Neden olsun ki... 

Politize olmuş bir bilime, akademik terfi kaygısı ile yapılmış bir yayına, finansörünün beklentisi yönünde sonuçlarını rapor eden bir araştırmaya, araştırmacısının büyük egosuna kurban gitmiş çarpıtılmış bir gerçeğe kim inanır ve güvenir?

Halbuki, geçmişte çoğunu metafizik sandığımız birçok olgunun esasen elle tutulur, gözle görülür şeyler olduğunu bize gösteren bilim değil mi? Bugün kullandığımız araçlardan tutun, yuttuğumuz ilaçlara her şey bilim insanlarının alın terinin sonucu değil mi? 

Dolayısı ile gerçek bilim ve erdemli bilim insanlarının hayatımızı kolay, sağlıklı ve uzun yaşamak; üzerinde yaşadığımız "dünya" denen bu kara parçasını bozmadan, rezervlerini tamamı ile sömürmeden nasıl devam ettireceğimizi göstermesi gerekmez mi?

Bilimsel araştırmalara devletler tarafından milyarlarca dolar para harcandığı bir dünyada, bilim insanlarının ve ürettikleri bilimin daha çok söz sahibi olması gerekmez mi?...


Ancak, büyük paralarla büyük bilim yapılmıyor...

Çünkü, büyük paralarla desteklenen sözüm ona büyük çalışmaları yapan araştırma merkezleri sürekli bir para akışına ihtiyaç duyarlar. Tabi bunun için de, bazen acı gerçeklere değil proje destekçilerinin beklentilerine cevap verecek manipülasyonlara katlanmak zorundadırlar.
Onlarca ülkeden yüzlerce kişinin olduğu konsorsiyum çalışmalarının ürünü olan ve yüksek etki değerine (Impact Factor) sahip dergilerde yayımlanan yayınları herkes biliyordur.

Ne yazık ki, kimin hangi işi yaptığı belli olmayan bu tür kalabalığı bol birçok çalışmada negatif sonuçların (yani gerçeklerin) halı altına süpürüldüğünü, pozitif sonuçların ise şişirildiğini ve tekrarlanabilirliğin ise neredeyse imkansız olduğunu görüyoruz (Bilimsel araştırmaların tekrarlanabilirliği hakkında daha önce burada yazmıştım). 

Çünkü, bu şişirme sonuçlarla uyduruk patent almadan, bir hastaya nispeten iyi diğerine zehir etkisi yapan bir madde geliştirmeden ve bunun adını da "ilaç" koymadan, sürekli bir para akışı sağlamadan o şatafatlı merkezlerin ayakta durması zor olacaktır.

Bilim sadece "inandırıcı" değil aynı zamanda "ikna" edici de olmalı. Yoksa, avazın çıktığı kadar "iklim felaketi" diye bağırırsın, ancak kimsecikler duymaz ve hiç kimse hiç bir önlem almaz. 

Tabi bir de, bilim insanın nasıl algılandığı var toplumlarda...

Halk ve politikacılar nezdinde bilim insanı deyince genellikle "kafayı sıyırmış, asosyal, tuhaf, tip" gibi sıfatlar akla gelir. 

Bu olduğu sürece, bilim adamları devlet ve bilim politikalarında düzgün durup "yol gösterici" olacaklarına, politikacıların yanında boynu eğilmiş "yağdanlık" gibi durmaya devam edeceklerdir. 

Ülke ve hatta bilim politikalarında ise hayatında bilim veya ilmin kıyısında oturmamış, ancak virüs gibi her yere yayılan, devlet adamlarının, politikacıların gözüne girmeyi başaran "filim insanları" yön verecektir. 

Tabi, böyle olunca duvara toslamanız an meselesidir ve uzun vadede kaybeden herkes olur.

11 Mart 2016

İnsanımız Okumaktan Neden Nefret Eder?

Çünkü, eğitim sistemimiz ve aile ortamımız okumayı bir "ceza" olarak sunar da onun için.

Küçücük çocuklara:
"Çocuğum kitabını oku, dersini çalış sonra seni sinemaya götürelim ya da biraz bilgisayar oyunu oynarsın" türünden birşeyler demiyen var mı?

Bu sözün çocuğun kafasındaki gizli anlamı şu: 
"Okumak zor, zahmetli, sıkıcı bir iştir. Eğer sen bu cezaya katlanırsan, seni sinema veya bilgisayar oyunu ile ödüllendireceğiz"

Böyle bir ortamda büyüyen çocukların şuur altına ileriki yaşamlarında "okumak" lafzı "ceza" ile eşdeğerde bir şey olarak kazınır kalır.

Bunun sonucu, üniversitelerde öğrenciler kalem, kitap, defter yerine pahalı iPhone, Samsung, vs telefonlarla gelirler, İnternet'te  amaçsız biçimde oradan oraya savrulurlar. Hepsi çok okuyan toplumlar tarafından yapılmış günümüzün bu araçlarını bizler sadece tüketir, ağzımız açık bakarız.

Okuma aşkının aşılandığı bir toplumun bireyi ile, okumanın "ceza" olarak görüldüğü bir toplumun bireyi arasındaki farkı aşağıdaki fotoğraflardan daha çarpıcı biçimde ne ifade edebilir?
Sokakta yaşayan evsiz-barksız adamdan, tren bekleyen bayana kadar her şart altında ve her ortamda okuyan insanların olduğu bir toplumla, okumaktan nefret eden toplumlardaki bireyler arasındaki kültür, buluş, icat ve üretme farkını varın siz düşünün. 

Bırakın parkta, durakta, otobüste, uçakta okumayı yukarıdaki gibi bir görüntüyü üniversite kampüslerimizde bile zor görürsünüz. İki- üç genç insanın şu kampüste ellerinde kitap, bir arada oturduklarını görsem dişimi kıracağım!

Ondan sonra oturur kös kös düşünürüz. İlaçtan araca neden her şeyi gavur milletinden alıyoruz, bizim neyimiz eksik?  diyerek...

Malatya'dan İstanbul'a (bu bir örnektir) 18 saat otobüs yolculuğu yapar ve bu süreyi önümüzdeki koltuğa ya da yolcuların ensesine bakarak değerlendirirsek, yukarıdaki soruyu daha çok sorarız.

10 Mart 2016

Genç Araştırmacıya Tavsiyeler: Makale Yazma ve Yayına Kabul Ettirmede 6 Altın Kural


SCI kapsamındaki 2 adet uluslararası dergide yıllardır yapmış olduğum editörlük ve birçok dergide yapmış olduğum hakemlik bana şunu öğretti:
  • Çarpıcı veriler elde ettiğiniz iyi bir çalışmanız, anlatacağınız parıltılı bir bir hikayeniz var,  ancak sunumunuz kötü. Çalışmanızın yayınlanma şansı çok zayıf.
  • Orta halli bir çalışmanız var, ancak sunumunuz harikulade. Çalışmanızın yayınlanma şansı yüksek.
Tabi, bunları ciddi dergiler için söylüyorum.

Yoksa, "ne gönderirsen kabulümüzdür" diyen, aç gözlü, yazardan para talep eden, SCI tarafından bir şekilde taranan ancak etki değeri (Impact Factor) sıfır olan ve ciddi bir editörlük ve hakemlik sistemi bulunmayan yaklaşık 500 dergi için söylemiyorum.

Her ne ise başlayalım...

Madem başlıyoruz Başlık'la başlayalım.

1. Makalenizin başlığı kısa ve özgün olsun. Nerede ise paragraf uzunluğunda olan başlıklar "acemilik" göstergesidir. Uzun başlık, meramınızı kısaca anlatma becerisinden yoksun olduğunuz anlamı taşır.

2. Makaleniz belli bir mantık silsilesi ve bilimsel akış göstersin. Makalenizin başlıktan sonra il okunan yeri neresi? Abstract veya bazen Summary olarak adlandırılan Özet kısmı. Dergi editörleri çoğu zaman makalenin sadece bu kısmına bakarlar ve makalenizi hakemlere (peer-reviewer) gönderip göndermeme konusunda bir fikir sahibi olurlar (Editörler makaleye hiç bir işlem yapmadan doğrudan red etme ya da nadir de olsa hakeme bile göndermeden doğrudan kabul etme hakkına sahiptir).

Dolayısı ile Abstract kısmında en çarpıcı sonuçlarınızı ve bunların ne analama geldiğini yazmalısınız. Bu kısımda literatür bilgisi vermek, genel değerlendirmelerde bulunmak yine "acemilik" göstergesidir.

Makaleniz boyunca kolay anlaşılabilir bir dil kullanın. Uzun ve anlaşılmaz cümlelerden, sofistike terimlerden sakının. Konudan konuya atlamayın. Belli bir konudan bahsettiğinizde, bundan neden bahsetmiş olabileceğinizi sonraki ifadelerinizle gösterin.

Makalenizde nakaratlardan kaçının. Aynı şeyi burada, şurada orada tekrar tekrar yazmayın.

Şekil ve grafikleriniz okunabilir, açık ve profesyonelce olsun. Resim ve diyagramlarınız yüksek çözünürlükte, yazılar okunacak büyüklükte olsun.

3. Makalenizi yazmak için üzerinizde zaman baskısı olmasın.  Atalarımız ne demiş? "
Ağır giden yol alır, hızlı giden yolda kalır". Makale yazmak zor iştir. Beyniniz yorulur, ruhen iflas etme noktasına gelirsiniz. İyi derecede İngilizce bildiğim halde bir makaleyi yazmak en az 3 ayımı alır. Makalenize ne kadar çok zaman ayırırsanız, o kadar eksiksiz olacaktır ve okuyucu yazdıklarınızdan zevk alacaktır. Makalenizde yazdıklarınızın kalıcı olduğunu unutmayınız. Dolayısı ile oradaki doğru veya yanlış her şey yakanıza ömür boyu yapışır kalır. Başkalarının makalesinden yırt-yapıştır yapmayın. Başkasının makalesine atıf yaparken bile orijinalin anlamını bozmadan kendi ifadelerinizi kurun. Kendi makalelerinizden de kapsamlı alıntılar yapmayın. Örneğin, yayınlanmış bir makalenizdeki tüm bir paragrafı yeni makalenize kopyalamayın. Buna İngilizcede "self-plagiarism" yani "kendisinden çalma" denir ve bir nevi "bilimsel intihal" sayılır. 


4. Makalenizi yazmada EndNote gibi bir referans dizgileme programı kullanın. Bu size referans yazmada ve metin içinde atıf dizilemede büyük kolaylık sağlayacaktır. Bu sayede yanlış atıf ve referans gösterme olasılığını ortadan kaldırmış olacağınız gibi, bu size büyük zaman kazandıracaktır.

Makaleniz bir dergi tarafından ret edildiği zaman, başka bir derginin formatına çevirmek sadece birkaç saniyenizi alacaktır (EndNote yazılım sistemi yaklaşık 250 dolar olup, bu ve benzer yazılımlar her bilim insanının elinin altında olması gereken bir araçlardır).

Makaleniz Editöre gittiğinde, böyle bir araçla yazıp yazmadığınız hemen anlaşılır ve profesyonelliğin göstergelerinden biridir. 

5. Makalenizi mutlaka "cover letter" denen "açıklayıcı bir mektup"la beraber sunun. Bu tek sayfa ve çoğu zaman tek paragraf olan mektupta, çalışmanızla bilime ne sunduğunuzu ve neden ilgili dergiyi seçtiğinizi belirtin. Editörler çok meşgul insanlar olduğundan, makalenize bakmadan önce bu mektupları okurlar ve çalışmanızdan ya etkilenirler ya da çöpe atarlar.

6. Hakem değerlendirmelerine karşı kibar olun. Peer-review yani meslektaş-görüşü bilimsel yayıncılığın mihenk taşıdır ve çoğu zaman makalenizi bir üst seviye çıkarır.

Hakemler genellikle çalıştığınız konulara yakın konularda uzman insanlar olduklarından, çok absürd olmadığı sürece onların tavsiye ve yorumlarına uyun. Hakem ve editörlerle gereksiz polemiklere girmek size hiç bir fayda sağlamayaz. Bu davaranış, makalenizin kabulünün gecikmesine ya da ret olmasına sebep olacaktır.

Özet olarak, çalışmanızın kabul görmesinde üç önemli şey: profesyonelce sunum, sunum, sunum.

6 Mart 2016

Homo Sapiens'ten GMO Sapiens'e: Son Sürat "Tasarım Bebeklere" Doğru...

Genetik mühendislikte son trend ve tabi panik! Genetiği değiştirilmiş (yani GMO) insanlar mümkün mü?. 

Bugüne kadar genetiği değiştirilmiş organizmalar (GMO) bazı hayvan ve bitkilerle sınırlı kaldı.

Ancak, son yıllarda genetik alfabemizi okuyup, istenilen değişiklikleri tek harf düzeyinde bile yapacak "genom edit etme" mekanizmalarının keşfi ile bu tür değişikliklerin insanlarda da yapılmasının an meselesi olduğu konuşuluyor.

Bu teknolojilerden en yenisi ve en hassası olan CRISPR-Cas genom düzeltme sistemini daha önce burada, burada ve burada yazmıştım.

Bazı bilim insanları, bu tür teknolojilerin sadece tek bir genle geçen belli bir genetik kusurla doğma ihtimali bulunan bebeklerde kullanılabileceğini ve bunun da faydalı bir uygulama olacağını belirtiyorlar.

Ancak, insan istekleri bitmez...

Bu teknolojilerin hassasiyet dereceleri ve başarı oranları arttıkça, insanların da tasarım bebeklerinden bekledikleri özellik sayısı artacaktır. 

Bu özellikler arasında yüksek IQ'den tutun, boy, pos, yakışıklılık, güzellik, kansere ve diğer hastalıklara yakalanma riskini azaltma veya ortadan kaldırma, uzun ömür, Alzheimer ve Parkinson gibi sinir hasarı hastalıkları gibi birçok genle belirlenen özellikler bile olabileceği düşünülüyor. Yani bir nevi süper insan!. Göreceğiz...

Zaten dünyamızın zamanla kaldıramayacağı gibi görünen nüfusa (bkz. Dünyamız ne kadar insanı kaldırabilir?), uzun yaşayanlar da eklenince al sana yeni didişmeler, toprak ve kaynak paylaşımı için savaşlar, vs.. 

Tasarım bebeklerle ilgili bazı konu uzmanları ve sosyal bilimcilerin yorumları:
"Amerika'da neye karar vereceğimize bakılmaksızın, bebek yapmada sperm ve yumurtanın edit edilmesi dünyanın bir yerlerinde yapılacak"
"İnsan genomunun optimize edilmesi için evrim 3.85 milyar yıldır iş başında. Tüm istenmeyen durumlar da göz önüne alındığında, insan genomu ile oynamak isteyen bazı küçük grupların bu işi daha iyi yapabileceklerine gerçekten inanıyor musunuz?!"
"Aşırı derecede koruyucu ve riskten kaçınan ebeveynlerin, deha iyileştirilmiş çocuklar için bu riski alacakları şüphelidir. Bunlar, çocuklarını genetiği değiştirilmiş elma sosu ile bile beslemeyeceklerdir"

Dolayısı ile daha sonraki bir yazımın konusu olacak bu "tasarım bebekler" için öngörülemeyen birçok tehlikenin de olduğu açık.

Ne diyelim... Her nimetin bir külfeti de var.

5 Mart 2016

Dünyamız ne kadar insanı kaldırabilir? Bir beyin jimnastiği...

Dünyamızın bütün karalarının toplamı 150 milyon kilometre kare. Yani, bunu bir kare şeklinde ifade etseydik aşağıdaki gibi bir şey olurdu:

5 Mart 2016 itibarı ile dünyamızın nüfusu 7 milyar 406 milyon (bkz. sayaç).

Bu, şu anlama geliyor. Hali hazırda dünyamızda  her km kareye yaklaşık 50 kişi düşüyor.

Veya, diğer bir deyimle her bir insana yaklaşık 20 dönüm (20 bin metre kare) arazi düşüyor.

20 dönümü, her bir kenarı yaklaşık 140 metre olan bir kara parçası olarak düşünebilirsiniz. İnsanca işlenirse fena değil. Ancak, dünya karalarının sadece % 15'inin tarıma elverişili olduğunu da unutmayınız... Yani, bir şeyler ekip-biçecekseniz size düşen arazi sadece 3 dönüm!

Tabi, dünyamızda sadece insanların yaşamadığını ve esasen insanın yaşamı için diğer canlıların da aynı toprak parçasını paylaşması gerektiğini gözardı etmeyin!

Herkese bir ev (90 metre kare) ve önünde bir bahçesi (110 metre kare) olacak bir dünyada, olması gerek en fazla nüfus ise yaklaşık 720 milyar, yani bugünkü nüfusun yaklaşık 100 katı.

Hemen aklımıza şöyle bir soru takılabilir. İnsanla tıklım tıklım olmuş bir dünyada dünya nüfusu ne kadar olabilir?

Basit. Eğer tıklım tıklımdan kastımız her metre karesine bir insansa, bize düşen arazi parçası olan 20 bin metre kareyi 20 bin insanla paylaşmak gerekecektir.

Dolayısı ile cevap: 7.4 milyar x 20 bin = 150 trilyon insan.

Ancak, böyle bir dünyada yaşamayı hayal bile etmeyin.

Çünkü, size şöyle bir uzanıp tüm yorgunluğunuzu atacak bir yatak yeri kadar bile bir alan düşmeyecek ve ömür boyu 1 metre karelik alanınızda ayakta duracaksınız.

2 Mart 2016

Tüp Bebekler: Şeytanın Gör Dediği!

Evrim konusunda çalışan biyologlara göre, tüp bebeklerin ileri yaşamlarında bir takım öngörülmeyen problemlerle karşılaşma olasılığı bulunmakta. Bu problemlerin başında ise şeker ve obezitenin bir kombinasyonu olan "metabolik sendrom" gelmekte. 

Bu grup bilim adamlarına göre, bir laboratuar tüpü içerisinde "desteklenmiş" olarak yumurta ve spermin kaynaştırılması, normal rahimde gerçekleşen sperm rekabetini baypas etmek anlamına gelmektedir. Dolayısı ile, en sağlıklı spermin seçilmesi değil de tesadüfen seçilmiş bir spermin kullanılması söz konusudur. 


Bilimsel adı ile "in vitro fertilizasyon" veya kısaca IVF olarak bilinen tüp bebek yönteminde, annenin yumurtası ya milyonlarca spermin olduğu bir sıvıda bir araya getirilir ya da bir lab teknisyeni seçtiği bir spermle yumurtayı bir araya getirir. 


Halbuki doğal halinde, milyonlarca spermin yumurtayı döllenme için harekete geçtiği, birkaç yüz tanesinin ancak hedefe ulaştığı ve sadece en kuvvetlisinin dölyatağında yumurtayı döllediği düşünülmektedir.

IVF ile dünyaya gelmiş ilk tüp bebek İngiliz Louise Brown olup henüz 38 yaşındadır. 

(Foto: İlk tüp bebek Louise Brown)

Herhangi bir sağlık problemi bulunmayan Brown'ın yine hiç bir sağlık problemi olmayan 3 ve 10 yaşında 2 oğlu bulunmaktadır. Ayrıca, gün itibarı ile dünyada ailelerinin mutluluk kaynağı olan yaklaşık 5 milyon tüp bebek bulunmaktadır. 1977 yılında geliştirmiş olduğu IVF yöntemi ile onlara bu mutluluğu sağlayan ise 2010'da bunun için Nobel Ödülü alan İngiliz hekim Robert Edwards'dır. 

Ancak bütün bu yaygın kullanımına rağmen bazı bilim adamları IVF ve tüp bebeklerin durumunu, fast-food yani abur-cubur yiyeceklerin toplum üzerindeki etkisinin ancak 50 yıl sonra anlaşılmasına benzetiyor. 


Bilimsel detayından dolayı genel okuyucu için burada detaylar ile değinmeyeceğim "imprint genler" ve "epigenetik hafıza" olaylarının tüp bebek işleminde göz önüne alınmadığı görülüyor. 


İnsanda 100 kadar ebeveyn spesifik imprint gen var. Anneden gelen kopya (alel) ifade edilirse, babadan gelen imprint olur (yani susturulur) veya tersi söz konusudur.

Epigenetik hafıza ise, genetik materyalimizdeki (yani DNA)harflerin dizilişe ile ilgisi olmayan "genetik üstü" bir olaydır. Epigenetiğe, DNA'ya sonradan giydirilmiş elbise gibi bakabiliriz. DNA yapılır ve daha sonra oraya buraya bazı kimyasal gruplar (en çok metil grubu) eklenerek işlevi değiştirilir. Dolayısı ile gen seviyesinde nerede ise %100 benzer olan bireylerin (örn., tek yumurta ikizleri) protein profilleri ve hastalıklara yakalanma özellikleri tamamen farklı olabilir. Bunun sebebi bu epigenetik işaretlerin ve hafızanın her bireyin genomunu farklı şekilde etkilemesidir.

Fakat bazı yeni IVF yöntemleri bu konuları gündeme taşıyan biyologların çekincelerini kısmen de olsa ortadan kaldıracağa benziyor. 


Yeni bir yöntemde yumurta ve spermler pirinç tanesi büyüklüğündeki bir silikon bir kapsüle konmakta ve bu kapsül döl yatağına yerleştrilmektedir. Kapsül üzerinde nano boyutlarda delikçikler anne sıvısının kapsüle girişine izin verirken, yumurta ve spermlerin çıkışına izin vermemektedir. Bunun tüpteki olaydan farkı yumurta ve spermin annenin kendi döllenme sıvısı ile bir araya gelmesini ve doğala yakın bir döllenme gerçekleştirilmesini sağlamaktır.  


Yaklaşık 40 yıldır uygulanagelen tüp bebek yöntemi bu ve benzer yönleri için hala tartışılırken, mitokondriyel transfer veya halk arasındaki adı ile "üç ebeveynli tüp bebekler" olarak bilinen oldukça yeni bir tüp bebek uygulama biçimi için İngiltere'de yasal düzenlemeler yapıldı ve kliniklerde yapılmasının önü açıldı. Bu konudaki bir yazımı burada okuyabilirsisniz.