Scientia, Fortitudo et Virtus (Bilgi, Cesaret ve Fazilet)

31 Mayıs 2016

Mitokondri: Tüm Biyoloji Kitapları Yeniden mi Yazılacak?

Yaşam bilimlerinde çalışan insanlar mitokondrinin ne derece hayati öneme sahip bir organel (hücre içindeki bir yapı) olduğunu bilirler.

Enerjimizin (ATP) %90'ından fazlası mitokondrilerde yapılır. Yani, hücrelerdeki bu" enerji santralleri" olmadan kılımızı bile kıpırdatamayız.

Ancak, mitokondrilerin hücre ve organizmadaki rolü bununla sınırlı değildir...

Hücre ölümü, yaşlanma, kanser ve daha birçok şeyde bu organellerin büyük rolünün olduğunu görüyoruz.

Örneğin, kanserlerin % 80'inde işlevi bozulmuş mitokondriler göze çarpmaktadır. Kanser hücrelerinde mitokondriler hasarlı olduğundan, hücresel solunum daha çok glikoliz dediğimiz bir çeşit fermantasyon süreci ile sınırlı kalmakta ve hücreler bol miktarda laktik asit üretmektedir. Bu nedenledir ki, kanser tümörler genellikle asidik bir çevreye sahiptir ve normal hücreler bu çevrede yaşayamazlar.

Yaşlanmanın en önemli teorilerinden biri "mitokondriyel yaşlanma teorisi"dir. Soluduğumuz oksijenin büyük kısmı bu yapılar tarafından kullanılır ve en son suya çevrilir. Ancak, bu çevirim sırasında az da olasa elektrik kaçağı olur ve bu kaçak elektronlar "serbest radikaller" dediğimiz "aç" oksijen türevlerini yapar. Elektronlara aç olan bu oksijen türevleri hücredeki hemen diğer tüm moleküllere (DNA, RNA, protein, yağ) bağlanarak onların işlevini ya azaltır ya da bozar. Sonuç: yaşlanmaya adım adım gitme. Çünkü, hücrenin tamir mekanizmasını da bozan bu sistem, hücrelerin onarımına büyük bir sekte vurmuş olur.

Hücrenin en önemli programlı ölüm mekanizmalarından (apoptoz) biri mitokondrilere dayalıdır. Bu organellerdeki sinyal moleküllerine dayalı olan hücre ölümü veya intiharı en yaygın hücre ölümü çeşidini oluştur.

Bugüne kadar yapılan araştırmalar bu yapıların bakteriler hariç tüm diğer canlıların (ökaryotlar diyoruz) hücrelerinde bulunduğu yönünde idi. Ökaryot nedir derseniz, gözle görülen ve ya görülmeyen bakteri dışındaki tüm canlılar... (yani hayvan, bitki, mantar, amip gibi diğer tek hücreliler, vs..).

Dolayısı ile bilim kitaplarında, bakterilerle ökaryotlar arsındaki en belirgin farklar arasında bu organel de sayılıyordu.

Ancak, yeni bulgu ve bilgiler kitaplarımızı bu konuda yeniden yazdıracak nitelikte...

Her ne ise... konu başlığımız dönmeden önce, genel okuyucu için biraz mitokondri nedir, ne değildir bahsine girmekte fayda var.

Bilim dünyası, boyutları ve birçok özelliği bir bakteriye benzeyen bu organellerin bize bakterilerin mirası olduğunu düşünmektedir. 

Düşünceye göre, 1-2 milyar yıl öncesine kadar atmosferimizde çok az bulunan oksijenden dolayı, basit ökaryot (çekirdekli) hücreler oksijen yerine metan gibi başka gazlarla solunum yapıyorlardı (dolayısı ile işlevi için oksijene gerek duyan mitokondriye de gerek yoktu). Bu basit hücreler bir bakteriyi (protobakteri) yuttu ve onu parçalayacak iken, onu içinde tuttu ve her nasıl oldu ise bir şekilde onunla karşılıklı çıkara dayanan simbiyotik bir ilişkiye girdi.

Zamanla da bu bakteri hücre içinde bugün bildiğimiz mitokondriye evrildi. 
Benzer şekilde, bir bakteri de (siyanobakteri) kloroplastı olmayan bir bitki hücresine girdi ve orada bildiğimiz kloroplasta farklılaştı. Kloroplastın ortaya çıkması ile onun ürünü olan oksijen de atmosferimizde arttıkça arttı. Bu yükselen oksijen trendi, içinde mitokondri bulunan hücrelerin mantar gibi çoğalmasını ve diğerleri ile rekabeti kazanmasını sağladı. 

Çünkü, mitokondri oksijenle çalışan bir yapı idi ve içine girdiği hücreye rekabette bir üstünlük sağladı. Oksijeni kullanamayanlar ise (bunların çoğu yine bakteri idi) yerin dibine girdiler. Çünkü, kloroplastın yapmış olduğu fotosentez sonucu atmosferde biriken ve gittikçe artan oksijen mitokondrisi olmayan bakterilerin bazısı için bir zehir etkisi yaratıyordu. Bakterilerin geri kalan kısmı ise, oksijenle yaşamayı sağlayacak bir takım modifikasyonlara gittiler.

Biraz da bu organelin bazı ilginç özelliklerinden bahsederek bu konuyu kapatıp esas konumuz dönelim. 

Erkek veya kadın olalım, hücrelerimizdeki tüm mitokondrileri annemizden alırız. Spermle yumurtaya mitokondri girmez, girenler de yok edilir. Birazdan, az da olsa bahsedeceğimiz mitokondri DNA'sına bakarak anne soyumuzun nereden geldiğini tahmin edebiliriz. Baba tarafını merak ediyorsak ve erkeksek, en iyi referansımız Y kromozomu olacak (bu konuya kısmen değinen bir yazımı burada okuyabilirsiniz). Çünkü, kadında babadan gelen Y kromozomu bulunmaz. Kadındaki iki X kromozomundan hangisinin babadan, hangisinin anneden geldiğini belirlemek ise meşakkatli bir iştir.

Mitokondri, içinde DNA bulunan nadir organellerden biridir. Bir diğeri ise bitkilerdeki kloroplasttır. Bunların neden bize ve bitkilere miras kalan bakteri kalıntıları olduğunu sanırım şimdi daha iyi anlamışsınızdır! 

İnsanlarda mitokondri DNA'sı üzerinde 37 gen bulunmaktadır. Bunlardan 13 tanesi proteinleri kodlamakta, diğerleri ise başkaca işlevleri olan RNA'ları. Ancak, mitokondrinin işlevinin ve yapısının büyük oranda kromozomlarımızdaki genlere dayalı olduğunu biliyoruz. Yine de, bazı hastalıklar mitokondriyel kalıtımla geçer. Mitokondriyel DNA genetik geçmişimiz (akrabalığımız) hakkında da önemli ipuçları verir.
Son zamanlarda üç ebeveynli tüp bebekler konusunda mitokondri transferinin ne maçla yapıldığını buradaki bir yazımda okuyabilirsiniz. 

Konu başlığımıza dönersek... 

Bazı ökaryotların mitokondri taşımadığı konusu. Bu konu henüz çok yeni ve geçen hafta yayımlandı (bkz. Current Biology) ve bilim dünyasında büyük bir yankılanması oldu.

Bu çalışmaya göre, kemirgenlerde bir bağırsak içi hücre paraziti olan ve kendisi de ökaryot olan Monocercomonoides'in mitokondri ve mitokondri proteinleri içermediği rapor edildi. Yani, diyebiliriz ki bu canlı oksijeni kullanmayabilir ve buna rağmen fevkalade büyüyüp çoğalabilir. Muhtemelen glikoliz yolağını esas enerji yolu olarak kullanıyor.  

Başka bağımsız araştırmalar da aynı sonuca varırsa, tüm biyoloji kitaplarımızdaki mitokondri ile ilgili kısımları yeniden yazabiliriz. Bunlar içinde özellikle biyokimya alanında büyük bir yer kaplayan "metabolizma" konusu da olacak. 

Tabi bu, birçok uygulama için hücreye yaklaşımımız da değiştirecek. 

Son olarak şunu söyleyeyim: Bilimde ne kadar keşfedersek edelim, ne kadar bir konuyu ince ayrıntılarına kadar bildiğimizi düşünürsek düşünelim, DOĞA her defasında karşımıza bir sürprizle çıkmakta, bizi şaşırtmakta ve o zamana kadar evrensel olduğunu düşündüğümüz birçok konu ve kavramı esasen eksik kavradığımızı göstermektedir. 

Zaten bilimin de güzelliği burada değil mi? Her an yeni bir şey keşfederek ileri doğru yol almak... Bazı keşifler dünyamızın sonunu getirecek nitelikte olsa da.

19 Mayıs 2016

Genler Kaderimiz mi? Yoksa Bizi Biz Yapan Genler Üstü Bir Durumda da mı Var?

Gen dışındaki olaylara gelmeden önce biraz gen ve genetikten konuşalım (yazalım). Sonra da bizi biz yapan şeyler sadece genlerimizde mi kodlu yoksa başka şeylerde mi var siz karar verin...

Hemen herkes "genetik" diye bir şey duymuştur. Adı üzerinde... Genlerle uğraşan bir alan! Bazen "kalıtım" olarak da bilinir. Annemizin "yumurtasından" ve babamızın "sperminden" bize aktarılan miras... Bu mirası aktaran moleküle DNA diyoruz.

Sperm ve yumurtada 23 tane DNA molekülü varken, vücudumuzu yapan 200 trilyon hücrenin her birinde 46 tane DNA molekülü var. Çünkü, 23 tanesi babamızın sperminden 23 tanesi de annemizin yumurtasından gelir.  Bu DNA molekülleri özel proteinlerle birleşir ve her biri bir kromozom yapar. Yani 46 kromozom! (sperm ve yumurtada 23'er kromozom). Dolayısı ile 23 çift!

Bunların 22'si mükemmel çift oluştururken, cinsiyetimizi belirleyen ve adına X ve Y dediğimiz kromozomlar mükemmel çiftler değildir.

Flöresan boyaların bağlı olduğu DNA dizileri kullanılarak işartelenen insan kromozomları (Buradaki bir erkek hücresindeki görünümdür. Bayan hücrelerinde Y kromozomu hariç diğer kromozom setleri aynıdır. Bayanda iki adet X bulunur)


Erkek isek, X kromozomunu annemizden, Y kromozomunu babamızdan alıyoruz. Böylece her hücremizde, her bir çiftin bir tanesinin annemizden ve bir tanesinin babamızdan geldiği 22 çift kromozomumuz ve bir de  XY çifti var.

22 çift kromozom için kadınlarda da aynı durum söz konusudur. Ancak, kadınların her hücresinde erkelerdeki XY kromozomları yerine, birinin anneden diğerinin babadan geldiği 2X kromozomu vardır ve birbirlerine oldukça benzerdirler. Yani, görünüşlerine bakarak hangisinin anneden, hangisinin babadan geldiğini anlayamayız.

Mükemmel çift oluşturan kromozomlarımızdan hangisinin annemizden hangimizin babamızdan geldiğini ayırt edemezken, X ve Y kromozomları bariz biçimde farklıdır. Çünkü, mikroskop altında X kromozomu Y kromozomundan 3 kat büyük görünür. Hatta, kromozomlar arasındaki en küçük kromozom Y kromozomudur. Bundan dolayıdır ki, İnsan Genom Projesinde dizisi ilk saptanan kromozom Y kromozomu olmuştur.

Daha da işi sıkıcı yapmadan, bu konuyu son bir şeyle bitireyim: erkek çocuğu olmayan beyefendiler, sakın ola ki hanımlarının üzerine kuma getirmesinler. Neden mi? Çünkü, erkek çocuğu olup olmayacağını tamamen erkek belirler de onun için... İçinde Y kromozomu olan sperm yumurtaya girerse çocuk erkek, içinde X kromozomu olan sperm yumurtaya girerse çocuk kız olur da ondan. Annenin tüm yumurtalarında X kromozomu olduğu için, onun yapacağı fazla bir şey yoktur.

Neyse konumuza dönelim... Genler Kaderimiz mi? Yoksa Bizi Biz Yapan Genler Üstü Bir Hafıza da mı Var?

DNA'ya baktığınız zaman onun çok da göz alıcı bir molekül olmadığını görürsünüz. Adına "nükleotid" denen 4 adet (A, G, C ve T harfi ile gösterilen) kimyasalın değişik tekrarlarından oluşan, uzun, birbirine saralı iki zincirden oluşan bir yapı. Dolayısı ile buna "DNA sarmalı" ya da "DNA heliksi" diyoruz. Geleneksel olarak, DNA molekülünü büyüklüğüne göre kromozomları sıralamışız. Yani, 1. kromozom en büyük DNA molekülüne sahipken, 22. kromozom en küçük DNA molekülüne sahip. Dolayısı ile, yukarıdaki 4 harften yaklaşık 250 milyon tane 1. kromozomda bulunurken, 22. kromozomda bu sayı yaklaşık 50 milyondur.

DNA moleküllerini yapan bu harfler birer şifredir. Şifrelerin bazıları 1000 harften daha uzun, bazıları 10-100 kadar kısa olabilir. Çoğu, 100-1000 arasındadır. Bunlara "gen" diyoruz. 4 harften oluşan bu sıkıcı şifreler hücrede belli makineler tarafından deşifre edilirler. Deşifre olan ürünler ise karmaşık yapısı olan proteinler veya yine sıkıcı tek düze dizileri olan RNA'lardır. Bunlara değinip konuyu daha da karmaşık hale getirmeyelim...

Bir benzetme yaparsak. DNA'yı çıplak vücutlarımıza benzetebiliriz. Elbise giymediğimiz sürece biri birimize az çok benzeriz. Baş, ayaklar,kollar, bacaklar... Ancak, elbiselerimiz giydiğimizde bir renk cümbüşü... (bir stadyumdaki seyircileri düşünün).


Çıplak DNA: sperm ve yumurtada DNA böyle bulunur.

Buna benzer şekilde, annemizin yumurtasındaki ve babamızın spermindeki DNA'lar da ana maddesi 4 nükleotid olan dizilerdir ve her insanda büyük oranda (%99.9) benzer dizilim gösterir. Yani hepimiz neredeyse aynıyız. Yani gen seviyesinde insanoğlu arasında sadece binde 1 bir fark var.

Peki nasıl oluyor da bu kadar farklı fiziki ve kişilik özellikleri gösteriyoruz?

Bunu şu an kimse cevaplayacak konumda değil ve bunun cevabı henüz ufukta bile görünmüyor.

Ancak...

Bir kere sperm yumurtayı dölleyince, her şey allak bullak olmaya başlar. Hem spermden gelen ve hem de yumurtada bulunan o yeknesak DNA moleküllerinin orasına burasına "küçük kimyasal gruplar" eklenmeye başlar. Böylece, çıplak DNA'lara kişiye özgü olarak elbise giyindirilmiş olur ve aynı DNA dizilerine sahip genleri olsa bile insanlar boy, kilo, davranış, hastalıklara meyil veya direnç, ömür uzunluğu gibi sayamayacağınız kadar konuda farklılıklara sahip olurlar. Aynı yumurta ikizlerinde bile bu farklılıklar ortaya çıkar. Çünkü, DNA'nın orasına burasına sonradan eklenen bu küçük kimyasallar (metil ve asetil grupları) onun aktivitesini dramatik bir şekilde değiştirir.

Giyindirilmiş DNA: Sperm yumurtayı dölleyince küçük kimyasal gruplar DNA'nın orasına burasına eklenmeye başlar ve onun işlevini tamamen değiştirebilir.

İşte, bunlara genetik üstü faktörler, ya da moda terimi ile "epigenetik" faktörler diyoruz. Son yıllarda yeni yeni anlamaya başladığımız bu çeşit bir değişimin bir "hafıza" misali genler gibi nesilden nesile de geçebildiği konusunda raporlar var. Örneğin, genlerde bir değişiklik yapmayan belli kimyasalların koklatıldığı hayvanların yavrularının da bu kimyasallara aynı tepkiyi gösterdikleri rapor edildi.

Tabi bu durum kitaplarda yazılana oldukça ters. Çünkü, günümüzde kalıtımda "gen merkezli" ve "doğal seçilime dayalı" evrim görüşü hakim. Eğer yukarıdaki durum gerçekse, bu görüşlerinde oldukça revize edilmesi gerekecek. Artık kitaplarımızda ve makalelerimizde "sonradan kazanılan karakterlerin kalıtımı" konusunu da bunlara eklememiz gerekecek. Ancak, bunu yaparsak, 19. yüzyıla dönmüş olacağız. Neden mi? Çünkü, Lamarckism bu çeşit bir kalıtımı öne sürüyor da ondan. Taa o zamanlar, Fransız biyolog Lamarck sonradan kazanılmış karakterlerin de bir sonraki nesle geçtiğini ileri sürmüştü (Yüksek dallardaki yaprakları yemek için uzanan zürafaların, boyunlarının uzaması! ve bunun nesilden nesile geçmesi gibi bir şeyler hatırlıyorsunuzdur).

Örnek mi istersiniz? alın size "mühürlenmiş genler" diye bir şey...

Anne ve babamızda bunlardan 100 kadar var. Normal kalıtımın dışında bir davranış gösteriyorlar. Bu genlerin her biri için annemizden ve babamızdan birer kopya (allel) alıyoruz. Ancak, bireyden bireye fark gösteriyorlar. Anneden gelen kopya işlevsel ise, babadan gelen kopya "mühürlenmiş" oluyor. Veya tersi. Aynı bireyde her iki kopya birden işlevsel olmuyor. Yada her ikisi mühürlenmiş olmuyor.

Yukarıda, bolca X ve Y kromozomlarından bahsettim. Epigenetikle ilgisinden dolayı bu cinsiyet kromozomlarına tekrar dönelim...

Her erkeğin vücudundaki hücrelerde bir X ve bir Y var. Ancak her kadının hücrelerinde 2 X kromozomu var. Gen dozu (sayısı) bakımından, kadının daha fazla gene sahip olduğu açık. Ancak, erkekle kadının hücrelerindeki bu gen dozaj farkı tam bilemediğimiz bir mekanizma ile ortadan kaldırılıyor. Nasıl mı? kadının XX kromozomlarından biri kapatılıyor yani "mühürleniyor". Kadında kapatılan X kromozomu annesinden de babasından da gelmiş olabilir. Esasen, kadınlarda vücut bu kromozomlar bakımından bir çeşit "mozaik" yapı gösterir. Vücudunun belli doku ve organlarında annesinden gelen X mühürlenmiş iken, vücudunun başka taraflarında babasından gelen X mühürlenmiş olabilir. Yani tam bir mozaik yapı... Erkeklerde ise bu durum söz konusu değil. Çünkü erkeğin vücudundaki tüm X kromozomları annesinden gelir, Y kromozomları ise babasından.

İşi daha da karmaşıklaştıralım mı?...

Kadının her hücresindeki 2 X kromozomundan birinin kapalı veya mühürlü olduğunu söylemiştim. Bu her zaman böyle değil... Açık yani iş gören X kromozomuna bir bir şekilde hasar görür ve işlevini yitirirse, mühürlenmiş olan X'in mührü açılır ve hasar telafi edilir. Erkeklerde bu tür bir hasar telafisi söz konusu değildir. Çünkü, tek bir X'leri var ve hasar görürse hapı yutar!!! Bu nedenledir ki, eşeye bağlı genetik hasar ve ölümlere erkekler kadınlara göre 5 kat daha yatkındır. İşte tüm bunlar da "gen üstü" nedenlerden kaynaklanıyor. Bu, bize kadınların hemen her toplumda erkelerden neden 5 ila 10 yıl daha fazla yaşadıklarını belki açıklıyordur...

Sonuç olarak, tüm bu konularda (genetik ve epigenetik) bilgi ve bildiklerimiz henüz çok primitif ve sandığınız gibi her şey genlerle belirlenmiyor. Yediğiniz, içtiğiniz besinlerdeki kimyasallar da sizi şekillendiriyor, hayatta yaşadığını tecrübeler de. Ve bunlar bir şekilde kayıt altına alınıp gelecekteki nesil ve nesillerinize geçiyor.