DNA'yı herkes biliyordur. Kitaplarda veya popüler medyada şu güzelim biri birine sarılmış iki zincirli sarmal. Her canlıyı yapan, bilginin nesilden nesile aktarımını sağlayan, genetik bilginin şifre şeklinde kaydedildiği molekül.
Çok basit bir dil kullanıyor. Bu dilde sadece 4 harf var: A, G, C, T. Bizim alfabe gibi 29 harf değil. Gözle görülen veya görülmeyen, bakteriden, böceğe, bitkiye, file, insana her canlının ortak alfabesi.
Bu harflerin farklı sayı ve sırada tekrarlanması ile yeryüzündeki tüm canlıları yapan moleküldür DNA. Tüm bir insanı yapan DNA'da 6 milyar harf var. Ağırlığı ise sadece 6 pikogram! Yani, 1 gramın trilyonda biri (1 gram= 1,000,000,000,000 pikogram). Gözle görülemeyen bir hücreden 10 kat daha küçük bir ortama, yani hücre çekirdeğine sığıyor (İnsan genomu ile ilgili bir yazımı burada okuyabilirsiniz?.
Bir özelliği, oldukça kararlı olması. Bir reçine içine koyup saklarsanız 4 milyar yıl dayanır. Yani, dünyadaki tüm yaşamdan daha eski.Açık ortamda, yarılanma ömrü 10 bin yılın üstünde.
Tüm kitaplarımız 29 harfle yazılmamış mı?
Her alfabe harfini, DNA şifresi ile yazabilirsiniz (örn, H= CAG). İnsan için verdiğimiz örneğe dönersek: 6 milyar DNA harfi, 2 milyar alfabe harfine karşılık gelir. 2 milyar harfle, her sayfasında 1000 harf bulunan ve her biri 2000 sayfa olan 1000 adet kitap yazabilirsiniz. Bunu sadece 1 pikogram DNA ile yaptığınızı unutmayınız. Dolayısı ile her biri 1000 sayfa 1 katrilyon kitabı 1 gram DNA'ya sığdırabilirsiniz.
Dünyada yaklaşık 130 milyon kitap olduğu düşünülüyor (Ref: Google). Dolayısı ile 1 gram DNA'ya sadece tüm bu kitaplardaki bilgiyi değil, aynı zamanda tüm resim, video ve ses kayıtlarını da sığdırabilirsiniz.
Böylece, dünyamızın ürettiği tüm bilgiyi DNA şifresi olarak kodlayabilirsiniz. Bu DNA'yı hücrenin içine atıp saklayabilirsiniz. Sentetik (yapay) hücre ile ilgili yazımı burada okuyabilirsiniz. Ancak, hücreler o kadar dayanıklı değildir ve binlerce yıl dayanmazlar. Bu DNA'yı hava almayan bir kapsülün içine koyup saklarsanız milyon hatta milyarlarca yıl dayanır.
Neye mi yarayacak?
Dünyadaki tüm yaşamın ve bilginin ortadan kalktığı bir kıyamet senaryosunu düşünelim! Milyarlarca yıl geçti ve bir şekilde bugünküne benzer insanoğlu (veya daha zeki yaratıklar!) ortaya çıktı. Bu kapsülü alıp bir DNA dizgi belirleme makinesinde okutacaklar ve bu bilgiyide bir bilgisayara yükleyip bilgisayar dili olan 1 ve 0'lara çevirip tüm yazı, resim, videolara, ses kayıtlarına ulaşacaklar.
Bizim için ne mi diyecekler?
"Atalarımız zeki yaratıklarmış. Sonlarını getirecek felaketi öngörmüşler. Ancak, hırs ve açgözlülüklerinin kurbanı olmuşlar".
Scientia, Fortitudo et Virtus (Bilgi, Cesaret ve Fazilet)
sentetik (yapay) hücre etiketine sahip kayıtlar gösteriliyor. Tüm kayıtları göster
sentetik (yapay) hücre etiketine sahip kayıtlar gösteriliyor. Tüm kayıtları göster
6 Nisan 2016
Dünyadaki Tüm Bilgiyi Birkaç Gramında Depolayabilecek Bir Molekül: DNA
Labels:
DNA,
genetik,
sentetik (yapay) hücre
Hikmet Geçkil Illinois Institute of Technology’de Moleküler Biyoloji alanında doktora derecesini aldı. Ben Gurion Üniversitesi’nde CHI bursu ile doktora sonrası araştırma yaptı. Harvard Üniversitesi ve Massachusetts Teknoloji Enstitüsü (MIT)'de Fulbright burslusu olarak çalıştı. Araştırma alanı Genetik Mühendislik olup, halen İnönü Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümünde öğretim üyesidir.
29 Mart 2016
İlk Yapay (Sentetik) Hücre: Tanrının Rolünü Oynamak mı?
Buna birazdan döneceğim. Ancak, bu çalışmayı rapor eden grup
hakkında önce biraz tarihçeye...
J. Graig Venter (JCV) bir biyolog ve aynı zamanda zengin bir
iş adamı. O kadar zengin ki, kendi adına Maryland ve California'da iki
araştırma enstitüsü (JCVI) ve Nobel Ödülü almış bir bilim adamını da içinde
bulunduran 400'ün üzerinde çalışanı var.
Resim: (soldan sağa) J. Craig Venter. Hamilton O. Smith (Nobel Ödüllü), Dan Gibson, Lijie Sun, John Glass, Krishna Kannan, John Gill, and Clyde A. Hutchison III, . (Resim: J. Craig Venter Institute)
JCV ve grubunu aynı zamanda insan genom projesinden
tanıyoruz. Bu konudaki bir yazımı burada okuyabilirsiniz.
Aynı grup 2010 yılında kimyasal olarak sentezlenmiş tüm bir
bakteri (Mycoplasma mycoides) genomunu, genomu çıkarılmış boş bir bakteri
(Mycoplasma capricolum) hücresine aktardıklarını rapor etmişti. Yeni
oluşturdukları bu bakteriye "JCVI-syn1.0" adını veren grup,
makalelerine cüretkar bir başlık atmışlardı: "ilk sentetik bakteri
yaratıldı" (Science, 2010). (genom= hücredeki tüm DNA)
Aynı grup geçen hafta içinde minimum sayıda genle yaşamını
devam ettirebilen ilk yapay bakteri genomunu "tasarlayıp sentezlediklerini" bildirdi
(Science, 25 Mart 2106). Bu bakteriye de "JCVI-syn3.0" adını
verdiklerini görüyoruz.
Grubun 2010'da kullandıkları provokatif "yaratmak"
terimini, haklı bilimsel tepkiler sonucu yeni çalışmalarında
"sentez" olarak yumuşattığını görüyoruz.
Neyse. konumuza dönelim.
Bakteri hücresi "yaratıldığı!" için bakteriden
başlayalım...
Bakteri tek bir hücreden oluşur, fakat aynı zamanda bizim
gibi trilyonlarca hücreden oluşan bir canlı gibi yer, içer, davranır. Yani,
kısaca bir bakteri hem tek bir hücredir hem de bir organizmadır.
Bitki ve hayvanlara göre bakteriler çok daha basit
organizmalardır. Yaşamak ve çoğalmak için de daha az şeye ihtiyaç duyarlar.
Genomları küçük ve binden az geni olanları vardır.
Grubun, 2010’da referans
aldığı ve genomunu sentetik olarak kurduğu bakteri, genomu en küçük (yaklaşık 1
milyon harf) bakterilerdendi.
Bir karşılaştırma yaparsak: bir insan hücresinde yaklaşık 20
bin, tipik bir bakteri olan E. coli’de yaklaşık 5 bin gen (protein kodlayan)
var. Genin ne olduğunu daha önce burada yazmıştım.
Grubun geçen hafta içinde rapor ettiği yapay bakteri
(Syn3.0) “minimal” bir bakteri. Bu bakteri grubun daha önce oluşturduğu sentetik 516 gene sahip Syn2.0 bakterisinden 43 genin daha
çıkarılması ile elde edildi.
Resim:15 bin kez büyütülmüş EJCVI-Syn 3.0 hücrelerinin elektonmikrografı.
Syn3.0 başka bir hücreye ihtiyaç duymadan tek başına
serbest yaşayabilen genomu en küçük bakteri olmaya aday. Bu yapay bakteride
sadece 473 gen var. Bunların 324’ü (3’te 2’si) hücrenin sadece yaşamını devam
ettirmesi ile ilgili, diğer 149 genin ise foksiyonu tam bilinmiyor.
Bu sentetik bakteriden daha az gene sahip
doğal bakteriler var. Ancak, bunlar serbest yaşayamıyor. Bir hücrenin içinde parazit
gibi yaşamaya mahkumlar.
Az sayıda gen bakımından rekor ise böcek hücreleri
içinde yaşayan Nasuia. Bu bakterinin sadece 137 geni var.
Çalışmanın şunu gösterdiği ileri sürülüyor: Tüm canlılarda
genlerin çoğu ihmal edilebilir. Yani bu genler aksesuar işlevi görüyor. Bunlar
olsa da olmasa da canlı (veya hücre) yaşamını devam ettirebilir.
Peki böyle bir çalışmanın amacı ne? Para! Bir ürünü maksimum
yapmak.
Şöyle bir düşünün. Hücrede 5000 gen olsun ve bu genleri
kullanarak hücre 100 adet çeşitli endüstrilerde kullanımı olan ürün üretsin.
Ancak, bu 100 ürün arasından sadece bir tanesi özel bir hastalık için ilaç ve
siz sadece onu üretmek istiyorsunuz. Diğer tüm genleri kapatır, hücreyi
rezervlerini bu ilaç için kullanmasını sağlarsanız istediğiniz ürünü 100 kat
fazla elde edersiniz.
Sorulacak sorular ise, bu ihmal edilebilir genleri çıkarıp
atarsanız canlının ne tür badirelerle karşılaşacağı. Özellikle bizim gibi
karmaşık yapılı ve eşeyli üreme yapan canlılarda üreme sorunlarından tutun zekâ
seviyesine ve sayısız hastalıklara kadar bir ton sorunla karşılaşılmayacağını
kim garanti edebilir?
İnsan eli ile yapılmış hilkat garibesi canlıların
uzun vadede dünyamızdaki doğal dengeleri nasıl etkileyebileceği etraflıca
düşünülmediği görülüyor. Daha doğrusu, “ben para kazanayım da, benden sonrası
tufan” mantığı…
Sadede, yani “yaratma”ya gelince…
Craig Venter ve ekibinin yarattığı aslında hiç bir şey yok.
Olsa olsa bir Legonun parçaları ile yeni bir araç yapmışlar. Kullandıkları tüm
malzeme (enzimler, vs) ve Legolar (DNA ve yapıtaşları) ise doğadan. Yani var
olandan alınma.
Kısaca, “yaratma” kastini aşan bir ifade olurdu ve bu
nedenledir ki ilk çalışmalarında kullandıkları bu kelimeyi, yeni çalışmada
kullanmamışlar.
Hem bilimsel hem de dinsel olarak isabet etmişler.
Labels:
Craig Venter,
genetik,
genetik ve çevre,
İnsan Genom Projesi,
insandaki gen sayısı,
Nobel Ödülü,
sentetik (yapay) hücre
Hikmet Geçkil Illinois Institute of Technology’de Moleküler Biyoloji alanında doktora derecesini aldı. Ben Gurion Üniversitesi’nde CHI bursu ile doktora sonrası araştırma yaptı. Harvard Üniversitesi ve Massachusetts Teknoloji Enstitüsü (MIT)'de Fulbright burslusu olarak çalıştı. Araştırma alanı Genetik Mühendislik olup, halen İnönü Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümünde öğretim üyesidir.
Kaydol:
Kayıtlar (Atom)